Кракозябры, непечатные символы, русская кодировка - это все то, что вы бы ввели в запросе, чтобы узнать как заставить Java понимать русский язык.
Все очень просто, проще некуда. Java, как любой другой современный язык поддерживает множество кодировок, и русскую кодировку в том числе.
В моем случае я использую для компиляции и запуска java программы Notepad++.
Для компиляции добавил следующий параметр:
-encoding Cp1251
Для запуска программы:
-Dfile.encoding=Cp866
В моем случае кодировка java класса - Cp 1251.